นักวิจัยเเละนักวิทยาศาสตร์กลุ่ม CONI รายงานการถอดรหัสพันธุกรรมระดับจีโนมพบ COVID-19 สายพันธุ์แอฟริกาใต้ที่ อ.ตากใบ จ.นราธิวาส พร้อมระบุข้อมูลเบื้องต้น อาจเป็นคลัสเตอร์ติดเชื้อจากผู้ลักลอบเข้าเมือง รอกระทรวงสาธารณสุขตรวจสอบยืนยันอีกครั้ง
วันนี้ (22 พ.ค.2564) นักวิจัยเเละนักวิทยาศาสตร์ ซึ่งรวมตัวเป็นกลุ่ม COVID-19 Network Investigations (CONI) ออกรายงานสำหรับประชาคมวิทยาศาสตร์ เรื่อง การระบาดในประเทศของเชื้อสายตระกูล B.1.351 โดยมีรายละเอียด ระบุว่า ปัจจุบันประเทศไทยมีการระบาดในประเทศของเชื้อไวรัส COVID-19 สายตระกูล B.1.351 หรือที่มักเรียกกันในสื่อว่าเชื้อสายพันธุ์แอฟริกาใต้
กลุ่ม CONI ได้รับการประสานจากทางกระทรวงสาธารณสุขให้ร่วมสืบสวนคลัสเตอร์ที่ อ.ตากใบ จ.นราธิวาส โดยได้รับข้อมูลว่าอาจเป็นคลัสเตอร์ติดเชื้อต่อเนื่องในประเทศไทยจากผู้ลักลอบเข้าเมือง
จากการถอดรหัสพันธุกรรมระดับจีโนมพบว่า เป็นเชื้อสายตระกูล B.1.351 ทางกลุ่ม ได้ส่งต่อข้อมูลชุดนี้ให้ประชาคมวิทยาศาสตร์เพื่อร่วมกันติดตาม เฝ้าระวัง และพัฒนาวิธีป้องกันรักษาโรค โดยมีรายละเอียด ดังนี้
1.ตัวอย่างชุดนี้จัดเก็บโดยกระทรวงสาธารณสุข เมื่อวันที่ 13 พ.ค.2564 ทางกลุ่มได้รับตัวอย่างเมื่อวันที่ 17 พ.ค.2564 และคัดเลือกมา 3 ตัวอย่าง (รหัส BKKCOVID720 BKKCOVID721 และ BKKCOVID722) เพื่อถอดรหัสพันธุกรรมระดับจีโนม โดยตำแหน่งที่ถอดได้มีลำดับการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมตรงกับสายตระกูล B.1.351 ตามระบบ PANGO
2.การถอดรหัสใช้วิธี MinION ของ Oxford Nanopore Technologies โดยมาจากวิธี amplicon sequencing ของ ARTIC Network ผ่านการวิเคราะห์โดย workflow ของ COG-UK และระบบ QC ของกลุ่ม ด้วยทรัพยากร Supercomputer จาก ThaiSC TARA
3.Genomic coverage ของ 3 ตัวอย่างอยู่ที่ 85.01%, 90.11% และ 84.93% ตามลำดับ ปกติวิธีที่ใช้จะได้ coverage ประมาณ 95-98% แต่ตัวอย่างน่าจะมีการเสื่อมสลายระหว่างขนส่ง เพราะวิธีการอื่นที่ใช้วิเคราะห์ตัวอย่างนี้ก็มีปัญหาคล้ายคลึงกัน อย่างไรก็ดี ตำแหน่งที่ได้เพียงพอต่อการกำหนดสายตระกูล ทางทีมถอดรหัสจะใช้วิธีการ Illumina เพื่อเพิ่ม coverage ของตัวอย่างชุดนี้ต่อไป
4.ทางกลุ่มจะนำข้อมูล BKKCOVID721 ที่ได้เข้าสู่ระบบ GISAID และจะรวมเข้าไปใน Nextstrain build รอบถัดไป พร้อมทั้งติดตามต้นตอการระบาดด้วยวิธี Maximum-likelihood และ Bayesian analyses โดยปกติทางกลุ่มจะนำเสนอข้อมูลให้กระทรวงสาธารณสุขและนำข้อมูลเข้า GISAID โดยตรง แต่เนื่องจากข้อมูลชุดนี้มีความสำคัญ ทางกลุ่มจึงนำมาแสดงต่อประชาคมวิทยาศาสตร์ทันที
5.เชื้อสายตระกูล B.1.351 มีการกลายพันธุ์ในตำแหน่งที่คาดว่า มีผลกระทบต่อการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันมนุษย์ต่อไวรัส และลดประสิทธิภาพการทำงานของวัคซีน แต่มิได้แปลว่าวัคซีนจะใช้ไม่ได้ เพียงแต่ต้องเพิ่มอัตราส่วนประชากรผู้ได้รับวัคซีนให้สูงขึ้นเพื่อเกิดการป้องกันระดับประชากร
ทั้งนี้ สำหรับกลุ่ม CONI ประกอบด้วยนักวิทยาศาสตร์ที่สังกัดสถาบันในไทยและต่างประเทศทั้งมหาวิทยาลัยมหิดล Molecular Infection Medicine Sweden Oxford University และ AFRIMS โดยทางกลุ่มทำการถอดรหัสเพื่อช่วยหน่วยงานด้านการแพทย์และสาธารณสุขสืบสวนโรคและติดตามการระบาดในระดับประชากร ซึ่งความเห็นประกอบข้อมูลดังกล่าวมิใช้ของต้นสังกัด
